Penguatan ketatalaksanaan bertujuan untuk meningkatkan efisiensi dan efektivitas sistem, proses, dan prosedur kerja yang jelas, efektif, efisien, dan terukur pada Zona Integritas menuju WBK/WBBM. Target yang ingin dicapai pada masing-masing program ini adalah :
a) Meningkatnya penggunaan teknologi informasi dalam proses penyelenggaraan manajemen pemerintahan di Zona Integritas menuju WBK/WBBM
b) Meningkatnya efisiensi dan efektivitas proses manajemen pemerintahan di Zona Integritas menuju WBK/WBBM
c) Meningkatnya kinerja di Zona Integritas menuju WBK/WBBM